В 2000 году группа Metallica обнаружила, что демонстрация ее песни «I Disappear», которая должна была выпущена в сочетании с саундтреком «Миссия невыполнима II», получала радиопередачу. Обнаружив источник утечки, группа обнаружила файл в одноранговой сети обмена файлами Napster, а также обнаружила, что весь каталог группы был в свободно доступен. Судебный иск был подан против Napsterк в Окружной суд США, Центральный округ Калифорнии, заявляя, что Napster нарушил 3 области закона: незаконное использование устройства цифрового аудиоинтерфейса, нарушение авторских прав и Закон об организациях, влияющих на коррупцию и коррупцию (RICO).
Ульрих представил заявление в юридический комитет Сената о нарушении авторских прав 11.07. 2000 года. Федеральный судья Мэрилин Холл Патель приказал сайту установить фильтр на программу на протяжении 72 часов или он будет закрыт. Урегулирование между Napster и Metallica состоялось, когда немецкий медиа-конгломерат Bertelsmann BMG проявил интерес к приобретению прав на Napster за 94 миллиона долларов. В соответствии с условиями соглашения, Napster дал согласие на блокировку юзеров, какие делятся музыкой с артистами, которые не хотят, чтобы их разделяли. 3 июня 2002 года Napster подал иск о защите главы 11 в соответствии с законами США о банкротстве. 3.09.2002 года американский судья по банкротству заблокировал продажу Napster Bertelsmann и вынудил Napster ликвидировать свои активы в соответствии с главой 7 законов США о банкротстве.
На церемонии вручения MTV Video Music Awards 2000 г. Ульрих пришел вместе с Марлоном Уайансом в роли пародии, которая критиковала идею использования Napster для передачи музыки. Марлон играл студента колледжа, слушая Metallica » I Disappear «. Вошел Ульрих и попросил объяснений. Ульрих дал ответ на оправдание Уайанса, что использование Napster было просто «делиться», сказав, что идея Вайанса делиться была «заимствовать вещи, которые не принадлежали вам, не спрашивая». Он вызвал команду «Металлика», которая конфисковала все имущество вайанцев, оставив его практически голым в пустой комнате. Позднее на церемонии создатель Napster Шон Фаннинг вручил награду в рубашке Metallica: «Я взял поносить эту рубашку у друга. Может быть, если она понравится мне, я куплю ее себе». Позже Ульриха освистали на сцене на церемонии награждения, когда он представил финальный музыкальный акт Blink-182.
Newsted покинул Metallica 17 января 2001 года, когда планировалось войти в студию звукозаписи. Он сказал, что покинул группу по «личным причинам, а также за физический ущерб, какой причинил себе за эти годы, играя мою любимую музыку». Во время интервью Playboy с Metallica, Ньюстед сказал, что хочет выпустить альбом со своим сайд-проектом Echobrain. Хетфилд был против этой идеи и заявил: «Если кто-то делает побочный проект, это лишает силы Metallica», и что побочный проект «как-то изменяет вашей жене». Ньюстед сказал, что Хетфилд записал вокал для песни, используемой в фильме «Южный парк: Bigger, Longer & Uncut», и появился на двух альбомах Corrosion of Conformity. Хетфилд ответил: «Моего имени нет в этих записях. И я не собираюсь их продавать», и задал такие вопросы, как: «Где бы это закончилось? Он начинает гастролировать с ним? Он что, продает рубашки? Это что, его группа? »
В апреле 2001 года кинематографисты Джо Берлингер и Брюс Синофски начали подписываться на Metallica для документирования процесса записи следующего студийного альбома группы. За два года они записали более 1000 часов отснятого материала. 19 июля 2001 года, перед подготовкой к поступлению в студию звукозаписи, Хэтфилд поступил в реабилитационный центр для лечения своего «алкоголизма и других зависимостей». Все планы записи были отложены, и будущее группы было под вопросом. Хетфилд покинул реабилитационный центр 4 декабря 2001 г., а группа вернулась в студию звукозаписи 12.04. 2002 г. Хетфилд должен был ограничить свою работу четырьмя часами в день с полудня до 16:00 и тратить оставшуюся часть своего времени на свою семью. Видеозапись, записанная Берлингером и Синофским, была собрана в док.фильм Some Kind of Monster, премьера которого состоялась на кинофестивале Sundance в январе 2004 года. В документальном фильме Newsted заявил, что его бывшие товарищи по группе решили нанять терапевта, чтобы помочь решить ихние проблемы, которые он чувствовал, что они могли бы решить сами по себе «действительно чертовски хромым и слабым».
В июне 2003 года восьмой студийный альбом Metallica, St. Anger, дебютировал под №1 на Billboard 200 и вызвал неоднозначную реакцию критиков. «Стальной» звучащий малый барабан Ульриха и отсутствие гитарных соло подвергались большой критике. Кевин Форест Моро из Shakingthrough.net сказал: «Гитары спотыкаются в монотоне обработанной погремушки среднего уровня; барабаны не двигаются так сильно, как борьба, чтобы замаскировать значительно резкий темп; и ярость не сфокусирована и заквашено слишком большим количеством нарциссического пупка «. Брент Ди Кресченцо из Pitchfork описал это как «полный беспорядок». Тем не менее, журнал Blender назвал его «самым мрачным и мрачным из произведений группы Bob Rock», а журнал New York Magazine назвал его «абсолютно необработанным и потрясающим». Заглавная песня «St. Anger» получила премию Грэмми за лучшее исполнение металла в 2004 году; она была использована в качестве официальной тематической песни для SummerSlam 2003 WWE.
Перед выступлением группы на фестивале загрузок 2004 года Ульриха доставили в больницу после приступа тревоги и он не смог выступить. Хетфилд искал в последнюю минуту добровольцев, чтобы заменить Ульриха. Барабанщик Slipknot Джои Джордисон и барабанщик Slayer Дэйв Ломбардо вызвались добровольцем. Ломбардо исполнил «Батарею» и «Четыре всадника», ударный техник Ульриха Флемминг Ларсен исполнил «Fade to Black», а Джордисон исполнил остаток сета. На протяжении двух лет гастролируя в поддержку St. Anger в рамках летнего санаториевого тура 2003 года и «Безумного гнева» в рамках мирового тура, в поддержку которого выступала многоплатиновая рок-группа Godsmack, Metallica отказалась от выступлений и большую часть 2005 года провела с друзьями и семьями. Группа открылась для The Rolling Stones в SBC Park в Сан-Франциско 13 и 15 ноября 2005 года.